El aplicación en exceso o continua de los fertilizantes acidifica los suelos,   favorece la erosión y afecta los organismos (flora y fauna) y altera las propiedades químico-físicas de los componentes del suelo.
Los compuestos químicos aplicados en los fertilizantes se disuelven en la solución del suelo, son retenidos por las arcillas y la materia orgánica (adsorción), o se filtran a través del suelo para llegar a los cuerpos de agua.
 Por ejemplo, el fósforo (fosfatos) es adsorbido por los components del suelo (material orgánica y arcillas) y en condiciones de bajo pH, limita la cantidad de fosfatos disponible para las plantas.
Algunas bases de ácidos  como los nitratos y los sulfatos provenientes de la preparación de los fertilizantes se convierten en ácido súlfurico y nítrico que aumentan la acidez  y reccionan con los minerales del suelo.
 Las sales y ácidos que por lixiviación llegan a los cuerpos de agua, afectan sus propiedades químico-físicas. Por ejemplo, los lagos que recogen efluentes provenientes de las áreas agrícolas arrastran grandes cantidades de fosfatos y nitratos que estimulan la proliferación de plantas acuáticas, táles como el jacinto de agua.